(1) избор на оборудване.Има някои проблеми при избора на фармацевтично оборудване, като например избор чрез опит (без действително изчисление или недостатъчно изчисление на данни), сляпо преследване на напредък и недостатъчно проучване на физически данни, които сериозно засягат приложимостта и икономичността на оборудването.

(2) инсталиране на оборудване и обучение.В процеса на инсталиране на фармацевтично оборудване често се обръща внимание на напредъка на строителството, като се пренебрегва качеството на строителството, което води до увеличаване на разходите за поддръжка на оборудването в по-късен период.В допълнение, неадекватното обучение на персонала за поддръжка и експлоатация на оборудване също създава рискове за управлението и поддръжката на фармацевтичното оборудване.

(3) недостатъчни инвестиции в управление и поддържане на информатизацията.В днешно време, въпреки че много предприятия отдават голямо значение на управлението и поддръжката на оборудването, както и на управлението на записите за поддръжка на оборудването и запис на основните параметри и направени някои, но някои проблеми все още съществуват, като например трудно да се предоставят данни за продължителна поддръжка, липсата на ефективна информация за спецификацията на фармацевтичното оборудване, като спецификации, чертежи и т.н., това невидимо увеличава трудността на управлението, поддръжката и реконструкцията на оборудването.

(4) система за управление.Липсата на ефективна система и методи за управление, което води до недостатъчно управление на персонала за поддръжка на фармацевтично оборудване, липса на стандартизация на персонала по поддръжката, управление на фармацевтично оборудване и процес на поддръжка, оставяйки скрити опасности за безопасността.