(1) Избор на оборудване. Съществуват някои проблеми при избора на фармацевтично оборудване, като например избор въз основа на опит (без действителни изчисления или недостатъчни данни за изчисляване), сляпо преследване на напредък и недостатъчно проучване на физическите данни, които сериозно влияят върху практичността и икономичността на оборудването.

(2) инсталиране на оборудване и обучение. В процеса на инсталиране на фармацевтично оборудване често се обръща внимание на напредъка на строителството, като се пренебрегва качеството на строителството, което води до увеличаване на разходите за поддръжка на оборудването в по-късен период. Освен това, недостатъчното обучение на персонала по поддръжка и експлоатация на оборудването също представлява риск за управлението и поддръжката на фармацевтичното оборудване.

(3) недостатъчни инвестиции в управлението и поддръжката на информатизацията. В днешно време, въпреки че много предприятия отдават голямо значение на управлението и поддръжката на оборудването, както и на управлението на записите за поддръжка на оборудването и записването на основните параметри, все още съществуват някои проблеми, като например трудното предоставяне на данни за непрекъсната поддръжка и липсата на ефективна информация за спецификациите на фармацевтичното оборудване, като например спецификации, чертежи и др., което невидимо увеличава трудността при управлението, поддръжката и реконструкцията на оборудването.

(4) система за управление. Липсата на ефективна система и методи за управление води до недостатъчно управление на персонала по поддръжка на фармацевтично оборудване, липса на стандартизация в работата на персонала по поддръжката, което води до скрити опасности за безопасността при управлението на фармацевтичното оборудване и процесите на поддръжка.